一般水稻分蘖后开始发生，分蘖盛期达到高峰。受害水稻矮化，老叶黄化，心叶变窄、直，茎秆细小，分蘖少而小。初期上部叶片为深绿色或暗绿色，进而基部老叶尖端出现边缘不清的褐色小点或短条斑，后发展成为大小不等的不规则铁锈状斑点。以后病斑逐渐增多、扩大，叶片多由叶尖向基部逐渐变为赤褐色枯死，并由下叶向上叶蔓延，严重的全株只剩下少数新叶保持绿色，远望似火烧状。叶鞘与叶片症状相似，产生赤褐色至污褐色小斑点，以后枯死。拔起病株，可见根部老化，整个根系呈黄褐色至暗褐色，新根和须根没有或很少，有的稻株根部发黑甚至腐烂，发出硫化氢臭味。有的病株叶片还可并发胡麻叶斑病。

水稻赤枯病是一类生理性病害，其原因大体包括下述两个方面：   ①稻田钾、磷、锌等营养元素缺乏或不能被吸收利用。②稻田中有毒物质的产生与累积。包括硫化氢、亚铁、有机酸、二氧化碳和沼气等有毒物质，不仅直接伤害稻株根部，阻碍呼吸和养分的吸收，而且其陆续散发出的气泡，使稻田土壤表层浮而不实，致稻株扎根不稳，也影响发根分蘖，终致根系发黑、朽腐、稻株生长不良。   钾、磷、锌等营养元素的缺乏或不能被吸收利用，多见于山区秧地稻田、靠雨水的“望天田”、轻砂质田、过酸的红壤和黄壤稻田。这些稻田或者有机质缺乏，上述营养元素含量低；或者其营养元素溶解度低，成为不可被吸收利用状态。还有氮磷钾钙等营养元素不平衡，也会影响稻株对磷、钾、锌等的吸收利用，从而造成植株矮小、分蘖减少、叶片窄短、直立、卷曲、皱折和红褐斑点等缺素症状。   稻株根系变黑、朽腐，多见于土壤通透不良的“烂泥田”、地下水位高的“湖洋田”、长期积水的“深灌田”、酸性过强的“铁锈田”、山坑串灌的“冷底田”等田类；或因施用未充分腐熟的厩肥、堆肥、饼肥，或绿肥施用过量，在温度较低时有机质分解缓慢，温度升高时又急剧分解，形成土壤缺氧，在嫌气状态下有机质分解形成硫化氢等多种有毒物质，毒害稻株根部，生长受阻，叶片也由下而上表现赤枯症状。