小麦麦角病主要为害穗部，产生菌核，造成小穗不实而减产。

被侵染的小花在开花期分泌黄色蜜露状黏液（含有大量分生孢子），子房逐渐膨大，但不结麦粒，而是形成病原菌的菌核露出颖壳外。菌核紫黑色，麦粒状、刺状或角状，依寄主种类而不同。

Clavicepspurpurea称麦角菌，属子囊菌亚门真菌。病菌主要以菌核落于土壤中或混杂在种子间越冬。菌核在土壤中可存活1年。在干燥条件下，混杂在种子间的菌核寿命可长达15年。菌核在土壤中经一段时间的休眠后，在春季或初夏萌发，产生许多肉眼可见的红褐色子座。随春播麦种进入土壤的菌核，当年春季不萌发，至翌年春季才萌发。病原菌子囊孢子发生期大致与扬花期相吻合。子囊孢子随气流或雨水飞溅而传播，着落在寄主植物花器上，萌发后产生侵染菌丝，从胚珠基部侵入，然后在子房壁细胞间隙和胚珠细胞内扩展。几天后在子房表面长出菌丝体、子实层和含有大量分生孢子的蜜露状黏液。天气较冷凉，高湿，花期延长，麦角病发生较重。开颖授粉的品种和雄性不育系发病率较高。