苗床前期缺水，不仅种子发芽受抑，刚出土的幼苗也易干死。苗床后期缺水则导致须根少主根小，烟苗大而不壮，严重时还会引起烟苗枯黄甚至枯死。大田烟株缺水，因烟株为了满足上部幼嫩叶片的水分需要，会使下部叶片水分输出大于吸入而出现暂时萎蔫，导致生长缓慢。严重缺水时就会使烟株生长停止，叶片呈永久性萎蔫，早衰枯黄，以至整株枯死。在烟株生长后期，还未成熟的叶片因长期高温干旱，有时叶脉间还会产生许多大而红褐色病斑。这种单个病斑通常有—黄色带环绕，黄带外缘渐次转为正常绿色，众多病斑常可合并成大而不规则斑块，叶缘向下弯曲。

旱害是因长时间干旱又未及时灌溉所引起。据记载，冬季（12—2月）连续3月降水量≤25mm，春季（3—5月）持续3月降水量＜30mm，夏季（6—8月）任意连续25天降水量＜35mm，就会分别发生冬旱、春旱或夏旱，持续时间越长，旱情越严重。